Saint-Nizier-le-Désert tient son nom d'un des plus illustres évêques de Lyon, Nizier. Celui-ci au VIe siècle était respecté pour son action dans le développement de la religion chrétienne dans les campagnes.
C'est probablement au XIe siècle que le village naît, autour de l'église actuelle, comme beaucoup d'autres en France à la suite du défrichement résultant de la forte croissance démographique depuis l'an 1000. Par ailleurs une population était déjà implantée autour du prieuré de Montfavrey qui jouxte le village.
La première appellation de la commune est Saint-Nizier en dessous du Montfavrey (Sanctua Nicecius apud Montem Fabrosum). Elle devient Saint-Nizier dans le Désert en 1276, Saint-Nizier-en-Bresse, Désert Défriché en 1789 sous la Révolution, avec 556 habitants à l'époque, et Saint-Nizier-le-Désert sous la Restauration.
Aujourd'hui, au sommet de la butte du Montfavrey, on ne trouve que des amas de gros galets alpins mêlés à des débris de tuiles et de briques savoyardes marquant l'emplacement du prieuré et de la chapelle.
Au XIIIe siècle, il ne restait que six moines y compris le prieur qui nommait à la cure de Saint-Nizier-le-Désert. Le prieuré vivote jusqu'au XVIIe siècle. On constate sa disparition en 1654 mais on comptait encore 56 habitants en 1726.
Au début du XIIIe siècle, la seigneurie de Saint-Nizier-le-Désert dépend directement du domaine des sires de Beaujeu. En 1276, Louis de Beaujeu en concède la justice à Guillaume de Juys qui est à l'origine de la construction du château de Belvey à Dompierre-sur-Veyle. Elle est rachetée en 1290 par Guillaume de Verfey, puîné de la famille de Chalamont.
En 1402, Humbert VII, dernier sire de Thoire-Villars, sans enfants et très endetté, vend ses terres. Une partie va aux Bourbons et l'autre à Amédée VIII de Savoie. La frontière traverse la commune. L'église et le château de la Veyze sont en Bresse savoyarde, propriété de la famille de Savoie. "Le prieuré de Montfavrey et le village sis au pied" appartient à Louis II de Bourbon qui érige son domaine en principauté souveraine avec Trévoux comme capitale.
L'église de Saint-Nizier construite au XIe siècle, est caractérisée par une travée de choeur typiquement romane classée à l'inventaire des monuments historiques. Elle comporte huit colonnes portant des chapiteaux avec des corbeilles à décors végétaux.
L'église dispose également de deux chapelles gothiques. Une troisième aurait existé, mais l'emplacement de l'autel n'a pas été retrouvé. Celle à deux travées a été construite par les seigneurs de Saint-Nizier : piscine gothique et culots ornés de feuillage et d'un écusson dont la partie dextre montre les armes de la famille de Chalamont. Sur un écusson à la clef de voûte se trouvent les armes de la famille de Verfey. L'autre chapelle a été fondée par la famille Archier, dont le seul souvenir aujourd'hui est un lieu-dit, "les Archères".
Le plafond de la travée a été modifié au XVIIe siècle après la destruction du clocher par la foudre. Des aménagements ont eu lieu au XIXe siècle. Durant ces travaux, le perron de l'église a été remanié et deux pierres tombales ont été réemployées. On peut ainsi lire sur l'une "Ci-gît Henry Félix Passerat, négociant à Lyon, né à Oyonnax le 28 juillet 1786, décédé le 3 7bre 1841".
En 2001, l'extérieur de l'église a été restauré mettant en valeur le matériau de galets d'origine. Le monument aux morts a été déplacé.
On compte également deux croix de mission en fer forgé, sur socle de pierre, situées, l'une à l'intersection des routes de Dompierre / Saint-Paul, l'autre au sud à l'intersection des routes de Chalamont / Villars.
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